La historia sigue a Saya Kisaragi como alumna de segundo curso del Instituto Privado Sanabara, donde lleva una vida normal y disfruta de su diario vivir.Sin embargo,su padre le encomienda la misión como heredera del templo Ukishima de acabar con los Antiguos usando la espada Mikami (Espada de los dioses) para preservar la paz en su instituto y proteger a la ciudad del peligro de estos seres.A lo largo de sus encuentros con estos seres, descubrirá variados secretos que hará cuestionarse lo enigmáticos que son hasta encontrar alguna verdad,pero...el destino le aguardará muchas sorpresas a Saya.