La historia gira alrededor de Aki y Sora Aoi, una pareja de hermanos que han compartido un vínculo íntimo desde la infancia. Al crecer, ambos se han dado cuenta de la verdadera profundidad del afecto que sienten uno por el otro, consumando su amor en secreto. Viven con su hermana gemela menor, Nami. Ella encuentra extraña la estrecha relación entre Aki y Sora, es por eso que durante algún tiempo intenta establecer una relación entre Sora y su mejor amiga, Kana Sumiya. A pesar de que Nami pretende una relación entre Sora y Kana, ella tiene un profundo interés en su amiga.
Daichi Kakeru es un típico joven que vive su vida como alumno de secundaria y que cierto día se compra una lata de gaseosa de melón sin saber que esta adoptaría la forma de una linda y vistosa chica a quien el chico llama "Melón". Conviviendo con la chica-lata, Kakeru conocerá a más "Akikan"s ("latas vacías"), que como Melón, poseen una apariencia femenina. El problema es que las chicas necesitan de dióxido de carbono para poder sobrevivir, y la fuente mas practica y rápida de adquirirlo es a través de un beso.
La historia sigue a una organización internacional llamada Babel que protege a jóvenes reclutas en entrenamiento cuando vuelven de otros mundos. Un héroe reconocido llamado Akatsuki vuelve al mundo real desde un mundo de magia y espada llamado Areizaado acompañado, y nada más y nada menos de una preciosa chica que es la hija del Rey Demonio de ese mundo...
La historia trata sobre Takuma Hirose, un chico de instituto ciego del cual no se saben las causas de su ceguera. Tras la muerte inesperada de su madre se quedó marcado emocionalmente de tal manera que poco a poco se fue convirtiendo en una persona más solitaria y reservada. Debido a esto, él y su padre se han mudado a un área rural, y Takuma entra en un instituto nuevo. En él conocerá a muchas chicas, pero conocerá a tres más en profundidad. Ellas son Hayami Kohinata, una persona firme y obstinada; Hinata Kagura, una chica amable y servicial; y Otoha, una persona llena de energía, pero misteriosa.
La historia se centra en Issei Hyoudou, que en su primera cita es asesinado por su novia Yuuma (quien en realidad es un angel caido), por poseer un sacred gear, pero resucitado como un miembro del clan Gremory, una familia de demonios e Issei deberá servir a Rias Gremory, la lider del clan, quien resulta ser la Idol de la escuela.
Shungo es un estudiante de secundaria, vive en una mansión. Un día, su hermana Ryoko le envía a Mayu y Mikihiro, para vivir con él y así Mayu pueda superar su problema. El problema de Mayu es la androfobia, Ryoko usa varios métodos para curar su enfermedad utilizando a Shungo, como hacer que compartan la misma habitación, se bañen juntos, e incluso duerman juntos en la misma cama. Todo empeora cuando Reika Hōjō, la presidente del consejo estudiantil, termina de alguna manera siendo su criada.
Yukinari, es un estudiante como cualquier otro, con la unica diferencia que siempre ha sido mas bajo de estatura que los demas de su edad y a causa de eso las mujeres siempre lo han tratado mal; por este motivo, desarrolló una ginefobia (fobia a las mujeres) por lo que si las mujeres lo tocan, le sale urticaria (algun tipo de alergia en la piel). La vida de Yukinari cambiara completamente cuando por casualidades de la vida viaja a traves de la bañera de su casa hasta otro planeta llamado Seiren donde se encuentra con Miharu quien es la unica mujer a la que realmente puede tocar sin sufrir de urticaria (y que ademas es de su estatura), Seiren es un planeta donde el 96% de la población son mujeres y los hombres son muy disputados.
La historia toma prestados los personajes de los mitos del Cthulu creados por H.P. Lovecraft, siendo Nyaruko un mote cariñoso para Nyarlathotep. El protagonista es un joven de instituto normal y corriente llamado Mahiro Yasaka, al cual Nyaruko salva de otros extraterrestres malvados, porque ella... es un alien también.
