El mundo es tomado por una enfermedad mortal que convierte a los humanos en zombies. En Japón, varios estudiantes de la secundaria Fujimi y la enfermera de la escuela se unen para sobrevivir al presente Apocalipsis. La historia sigue a Takashi Komuro, uno de de los estudiantes que sobrevive en el brote.
La historia toma prestados los personajes de los mitos del Cthulu creados por H.P. Lovecraft, siendo Nyaruko un mote cariñoso para Nyarlathotep. El protagonista es un joven de instituto normal y corriente llamado Mahiro Yasaka, al cual Nyaruko salva de otros extraterrestres malvados, porque ella... es un alien también.
Una serie de historias cortas sobre el primer amor, estas giran en torno a grupo de estudiantes, sus familiares y compañeros. Poco a poco estas historias se van mezclado llevando a una historia principal donde participan la mayorÃa de los personajes principales.
Ichitaka Seto es un estudiante corriente de instituto que se ha enamorado de Iori, la chica más guapa de la clase. Pero no puede evitarlo, cada vez que la ve tiembla de arriba abajo. Aunque ha intentado declararse en numerosas ocasiones, todos sus intentos han sido fallidos.
Ambientada en un Siglo XXI alternativo en el cual el shogunato de Tokugawa nunca perdió su poder y mantuvo la unidad y el control de paÃs hasta los tiempos actuales. El shogun en el poder es el número 25 ya y a los pies del Monte Fuji se encuentra una academia militar en la que se forman los hijos de los altos cargos del shogunato. Los protagonistas son en su mayorÃa descendientes de grandes familias guerreras históricas en Japón, con lo que entre ellos nos encontramos con una muchacha llamada Jubei Yagyu o un Hanzo Hattori...
