La historia comienza cuando Manta Oyamada, un estudiante de secundaria, toma un atajo por el cementerio local y ve a un joven misterioso que simplemente observa las estrellas… Yoh (ío) Asakura, quien le invita a quedarse con él y sus amigos, pero Manta huye asustado al ver que estos eran fantasmas. Tiempo después Yoh se revela así mismo como un "Shaman" (quienes son el vínculo entre este mundo y el de los espíritus) para demostrarle a Manta que entre ellos ha nacido una amistad. La misión de Yoh será encontrar un espíritu acompañante y prepararse para el "Torneo de Shamanes", que sucedería en Tokio. La pelea que se lleva a cabo cada 500 años y en la que el ganador se convierte en el Rey Shaman (Shaman King). Finalmente hará su aparición el antagonista de la historia Hao Asakaura, quien tiene un destino en común con Yoh y tratará de ganar para cumplir su ambición de exterminar a la humanidad y establecer una utopía de puros Shamanes e Yoh será el único capaz de detenerlo.